Des milliers de virus inconnus découverts dans l’océan

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Le Virus à ARN différent des virus classiques ADN en ce sens qu’ils évoluent beaucoup plus rapidement. Chez nous, les humains, ils provoquent des maladies allant du simple rhume au Covid-19 ou même Ebola. Mais ils infectent aussi des plantes ou des animaux qui nous sont précieux. Et leur présence dans notre environnement reste relativement peu étudiée. Notamment parce que les virus manquent ARN la code à barre la génétique – de courts segments d’ADN uniques – qui distinguent une espèce d’une autre.

Aujourd’hui, cependant, une analyse de matériel génétique contenu dans les océans révèle la présence de plusieurs milliers de virus à ARN jusqu’alors inconnus. Des virus si divers qu’ils doublent simplement le nombre de groupes biologiques de virus supposés exister, disent les Chercheurs de l’Université d’État de l’Ohio (États-Unis). L’astuce des microbiologistes : travailler sur un protéine partagé par tous les virus à ARN. Ou plus exactement sur le embarrassé RdRp qui l’encode. Parce que ce gène a de petites différences qui peuvent aider à distinguer un type de virus d’un autre. Et puis il n’apparaît pas dans d’autres virus ou cellules.

Les chercheurs ont examiné un base de données des séquences d’ARN du plancton recueillies par leExpédition Tara Oceans. Parce que le plancton est un hôte commun pour les virus à ARN. Quelque 35 000 échantillons provenant de plus de 120 régions différentes à travers le monde. Et ils ont identifié plus de 44 000 séquences du gène qui code pour la protéine virale qui les intéresse.

Une nouvelle lumière sur la vie

Les chercheurs ont poursuivi leurs travaux en tentant de déterminer les liens évolutifs entre toutes ces séquences. En supposant que plus les gènes sont similaires, plus il est probable que les virus qui les portent soient étroitement liés. Grace à’intelligence artificielle et une analyse approfondie à l’aide de représentations 3D des structures de séquence, ils ont différencié 5 504 nouveaux virus à ARN. Et augmente le nombre de groupes biologiques connus de virus de cinq à dix. Ils pensent même avoir trouvé Taraviricota – un groupe présent dans tous les océans -, le lien manquant dans l’évolution des virus à ARN que les scientifiques recherchent depuis longtemps, reliant deux branches différentes connues de virus à ARN qui ont divergé dans leur mode de réplication.

Ce travail est important non seulement parce que les virus à ARN peuvent être mortels pour l’homme. Ils sont également importants car ils éclairent l’évolution de la vie sur Terre. Le gène RdRp pourrait être l’un des plus anciens gènes au monde. Il existait avant même que la vie n’ait besoin d’ADN.

Les virus à ARN jouent également un rôle central dans les écosystèmes. En infectant toutes sortes d’organismes, ils influencent les environnements et les réseaux trophiques au niveau chimique. Ils pourraient ainsi avoir un rôle à jouer dans l’adaptation des océans à la le réchauffement climatique. Sur la façon dont les océans absorbent et stockent environ la moitié de la carbone que nos activités émettent dans l’atmosphère.

A noter que pour l’instant, les chercheurs ne savent pas quels organismes ces nouveaux virus à ARN infectent. Notamment parce que les fragments de génomes dont ils disposent sont lacunaires et particulièrement complexes à décrypter. Ils espèrent toujours être en mesure de déterminer à l’avenir quels types de gènes pourraient manquer et comment ceux-ci ont évolué au fil du temps. Pour mieux comprendre le fonctionnement de ces virus à ARN.

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